راه‌ های درمان اختلال پدوفیلیا می‌تواند شامل درمان‌های رفتاری و داروها باشد. این درمان‌ها می‌توانند هوس‌ها و احتمال اثرگذاری آنها را کاهش دهند، اما بیماری پدوفیلی اغلب یک بیماری مادام العمر است.

درمان‌های شناختی شامل بازسازی تحریف‌های شناختی و آموزش همدلی است. بازسازی تحریف‌های شناختی شامل اصلاح افکار پدوفیلی است که کودک مایل است در آن فعالیت شرکت کند. آموزش همدلی شامل کمک به مجرم برای درک دیدگاه قربانی و درک آسیبی است که آنها وارد می‌کنند. رویکردهای شرطی سازی مثبت بر آموزش مهارت‌های اجتماعی و رفتارهای جایگزین و مناسب تر متمرکز هستند. بازسازی شامل ارائه بازخورد فوری به بیمار است که می‌تواند به او کمک کند رفتار خود را تغییر دهد.

تحقیقات این تصور را که مجرمان جنسی مستعد تکرار جرم هستند، رد کرده است. در واقع، میزان تکرار جرم برای جرایم جنسی کمتر از سایر انواع عمده جرایم است، به طور مثال در ایالات متحده تنها حدود 3 درصد از مجرمان کودک آزاری در عرض سه سال پس از آزادی از زندان مرتکب جرم جنسی دیگری می‌شوند. صدها مطالعه تأیید می‌کند که به محض کشف آنها، اکثر مجرمان محکوم هرگز مجدداً تجاوز جنسی نمی‌کنند. (همه مجرمان جنسی که کودکان را قربانی می‌کنند پدوفیل نیستند؛ تنها حدود 50 درصد مجرمان جنسی محکوم شده که به کودکان تجاوز جنسی کرده‌اند معیارهای تشخیصی این اختلال را دارند). بسیاری به دلیل خطر عواقب قانونی به دلیل قوانین گزارش اجباری برای متخصصان دارای مجوز، از جمله درمانگران، به دنبال کمک بالینی نیستند.

روانپزشکان و روانشناسان می‌توانند به کاهش شدت خیال‌پردازی‌ها کمک کنند و به بیمار کمک کنند تا راهبردهای مقابله‌ای را توسعه دهد. روان درمانی پویا، تکنیک‌های رفتاری و رویکردهای دارویی همگی کمک می‌کنند، اما احتیاط و نگهداری مادام العمر ممکن است عملی‌ترین و واقع بینانه‌ترین رویکرد باشد.